| 1939 | Début de la 2ème guerre mondiale. |
| 1940 | La France est partagée en zone libre et zone occupée. Les gares des Eaux-Vives et du Bouveret sont les seuls points d'accès de la Suisse à la zone libre. En gare des Eaux-Vives, création d'un centre de transbordement des wagons SNCF sur les trucks des tramways pour gagner les entreprises en ville et la gare Cornavin pour réexpédition par les CFF. |
| 1941 | Début de la construction du tronçon Cornavin - La Praille dans le cadre de la convention de 1912. |
| 1942 | La France est entièrement occupée, le trafic marchandise reste important à la gare des Eaux-Vives. |
| 1945 | Fin de la 2ème guerre mondiale. |
| 1949 | Mise en service pour le trafic marchandise du tronçon Cornavin - La Praille. |
| 1950 | Convention CFF, Confédération, État de Genève pour la création de la ligne Vernier - La Praille. |
| 1951 | Électrification Cornavin - La Praille (15 kV, 16,7 Hz). |
| 1956 | Électrification Bellegarde - Genève Cornavin (1,5 kV, =). |
| 1959 | Ouverture au trafic marchandise des raccordements à voie unique Vernier - Meyrin - La Praille et viaduc de La Jonction - Cornavin. |
| 1968 | Fin du transfert de Cornavin à La Praille du trafic marchandise. |
| 1970 | L'État de Genève adresse une requête à la Confédération pour la réalisation du tronçon La Praille - Eaux-Vives. Les CFF "vont passer à la construction de cette liaison". Premier coup de pioche prévu en 1974. |
| 1972 | Fin de l'électrification Bellegarde - Annemasse - Évian (25 kV, 50 Hz). |
| 1982 | Début des travaux de construction de la ligne de l'aéroport. Dans une certaine mesure c'est une compensation octroyée contre un abandon de CEVA. |
| 1984 | Motion interpartis au Grand Conseil pour augmenter l'attractivité de la ligne Eaux-Vives - Annemasse. Aménagement et agrandissement de la partie française de Cornavin, notamment pour les TGV. |